Le droit à congé maladie est consacré par statut pour l’ensemble des fonctionnaires (et stagiaires). Il existe des congés maladie de natures différentes, selon la gravité de l’affection et/ou la longévité de l’arrêt.

Quelles différences entre :

  • Congé de maladie ordinaire,
  • Congé de longue maladie (CLM),
  • Congé maladie de longue durée (CLD),
  • Disponibilité d’office pour raison de santé,
  • Mi-temps thérapeutique,
  • Jour de carence ?

Voici le détail concernant les fonctionnaires, les non-titulaires ayant un régime différent.

Clés de compréhension

  • Congé de maladie ordinaire
  • Congé de longue maladie - CLM
  • Congé de maladie de longue dirée - CLD
  • Disponibilité d'office pour raison de santé
  • Traitement
  • Mi-temps thérapeutique
  • Trop-perçus

Le congé maladie ordinaire (CMO)

Il s’agit des cas de pathologies mettant l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions mais n’entrant pas dans le cas de longue maladie ou de maladie de longue durée (grippe par exemple). Le droit à congé maladie (CMO) est uniquement conditionné par la présentation d’un avis d’arrêt de travail, établi par la ou le médecin , et transmis dans les 48 heures à l’autorité administrative compétente.

Durée : le congé de maladie ordinaire est limité dans sa durée : 1 an maximum. Passés 6 mois consécutifs d’arrêt, la prolongation du congé maladie ordinaire est soumise à l’avis du comité médical (départemental).

Rémunération : les règles sont différentes par rapport au privé. Le traitement de la ou du fonctionnaire est maintenu intégralement les trois premiers mois (90 jours) primes et indemnités incluses. Les 9 mois suivants, l’agent·e passe à mi-traitement. Si les primes sont réduites de moitié, certaines indemnités peuvent être maintenues dans leur intégralité, c’est le cas notamment de l’indemnité de résidence et du supplément familial de traitement (SFT) .

Pour les autorisations d’absences, se reporter à l’article de Sgen+.

Pour le jour de carence

Depuis le 1er janvier 2012 un délai de carence d’une journée a été instauré en cas de congé maladie ordinaire pour maladie non professionnelle. Concrètement, le premier jour d’arrêt maladie n’est plus rémunéré, le versement du traitement ne reprend qu’à compter du deuxième jour.

L’abrogation du jour de carence avait été décidée par le gouvernement Hollande mais il a été réinstauré par le gouvernement Macron à partir du 1er janvier 2018.

Le congé de longue maladie (CLM).

La ou le fonctionnaire peut être placé·e en congé de longue maladie (CLM), si, en plus d’être dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, son état de santé « rend nécessaire un traitement, des soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée ». Les cas d’affection ouvrant droit au CLM sont fixés par arrêté ministériel. Il s’agit d’une liste non limitative : le comité médical peut l’accorder pour d’autres maladies.

La ou le fonctionnaire doit transmettre le certificat de la ou du médecin traitant au comité médical. Une contre-visite est possible, avant que le comité ne se prononce. Sa décision est susceptible d’appel devant le comité médical supérieur.

Durée : la durée du CLM est limitée à 3 ans. Le congé ne se prend pas systématiquement en continu. Il peut être accordé de manière fractionnée, pour certaines pathologies. Dans ce cas, les 3 années de congés pourront être réparties sur une période de 4 ans.

Rémunération : l’intérêt de ce régime réside dans le niveau de rémunération dans la mesure ou la ou le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement pendant un an, et passe à mi-traitement les deux années suivantes.

Que se passe-t-il à la fin d’un congé de longue maladie ou de longue durée ?

Quatre possibilités pour la ou le fonctionnaire qui peut être :

  • admis·e à une période préparatoire au reclassement en vertu des dispositions du décret 84-1051,
  • reclassé·e,
  • en disponibilité,
  • admis·e à la retraite.

Dans l’attente de la décision du conseil médical, il ou elle perçoit une allocation qui correspond au montant perçu avant la fin du congé et qui lui demeure acquise quelle que soit l’issue de la procédure.

Quels sont les changements du congé de longue maladie pour les fonctionnaires ?

En gras, les nouveautés.

À compter du 01/09/2024 Rémunération Indemnités
Pendant la 1ère année du congé 100% du traitement 33% des indemnités* perçues avant le congé
Pendant la 2ème et 3ème année du congé 60% du traitement (50% auparavant)
60% des indemnités* perçues avant le congé

*Pour les enseignant·e·s, les HSA (heures supplémentaires année) comptent dans le calcul des indemnités.

 Le congé maladie longue durée (CLD)

Contrairement au cas des congés de longue maladie (CLM), le nombre d’affections ouvrant droit au congé maladie de longue durée (CLD) est limité à cinq : la tuberculose, la maladie mentale, les affections cancéreuses, la poliomyélite, le déficit immunitaire grave et acquis (SIDA). Ce congé de longue durée fait systématiquement suite à un congé longue maladie : un·e agent·e qui aurait une de ces affections doit d’abord passer un an en CLM, avant de basculer dans le régime du CLD. La demande de passage de CLM à CLD est présentée à l’administration et soumise à approbation du comité médical (recours ouvert devant le comité médical supérieur).

Durée : le CLD est accordé ou renouvelé par période de 3 à 6 mois. Il peut être utilisé de manière continue ou fractionnée, mais en aucun cas ne peut excéder 5 ans pour une maladie non-professionnelle (8 ans pour une maladie professionnelle). A noter que, contrairement aux autres catégories de congés, la ou le fonctionnaire ne peut prétendre qu’à un seul CLD par type d’affection, au cours de sa carrière.

Rémunération : en cas de CLD, l’agent·e perçoit l’intégralité de sa rémunération pendant 3 ans, puis la moitié durant 2 ans (sauf indemnité de résidence et supplément familial de traitement, dont elle ou il conserve l’intégralité).

Et après, quand est-ce que je pourrai reprendre ?

A l’issue du congé maladie (CMO, CLM ou CLD), la reprise du travail est soumise à l’approbation d’un comité d’expert·e·s. En cas d’avis favorable, la ou le fonctionnaire retrouve son emploi d’origine. Le congé maladie n’a, en principe, pas d’impact sur sa carrière, son avancement et ses droits à la retraite.

En cas d’avis défavorable, l’agent· peut être affecté·e sur un autre emploi du même grade, plus adapté à son état de santé, ou, si son état ne le permet pas, reclassé·e dans un autre corps ou cadre d’emploi.

Vous pouvez également demander à passer en mi-temps thérapeutique (vous percevrez dans ce cas l’intégralité de votre rémunération). Voir aussi sur Service-Public.fr.

En cas d’inaptitude constatée, et lorsqu’elle ou il a épuisé ses droits à congés, la ou le fonctionnaire peut être mis en disponibilité d’office pour raison de santé : une position dans laquelle elle ou il n’exerce plus son activité et n’est donc plus rémunéré·e. Elle ou il peut toutefois percevoir des indemnités journalières, versées dans les mêmes conditions que celles de la Sécurité sociale. Cette mise en disponibilité dure 1 an et peut être renouvelée à deux reprises. A l’issue, l’agent·e est soumis·e à avis médical, afin d’établir son aptitude à reprendre son poste.

A l’issue de la mise en disponibilité, trois options sont possibles : si elle ou il est reconnu·e apte physiquement, elle ou il devra être réintégré·e dans un emploi correspondant à son grade. Si elle ou il est jugé·e inapte, elle ou il sera mis·e à la retraite d’office ou licencié·e. En cas d’inaptitude partielle, une adaptation ou un reclassement doivent être recherchés.

Dans la pratique

De nombreux collègues en CLM ou en CLD évoquent des démarches longues et difficiles, le manque de postes adaptés…

Dans notre Académie le nombre de médecins de prévention est totalement insuffisant : en pratique, la médecine du travail n’existe quasiment pas pour les agent·e·s de l’Education Nationale !

Le Sgen-CFDT dénonce cette situation et demande l’instauration d’une vraie médecine du travail dans l’Éducation Nationale. Il soutient et assiste les personnels concernés dans leurs démarches avec l’administration.

N’hésitez-pas à nous contacter si vous êtes dans ce cas.

Remboursements des trop-perçus

Attention, quand vous dépassez la période à plein traitement, l’administration continue très souvent à vous verser l’intégralité de votre rémunération. Or, légalement, vous êtes passé·e à demi traitement. Il faut quelques semaines, voire quelques mois, à l’administration pour procéder aux modifications afin de ne plus vous verser que la moitié de votre salaire. Vous avez ainsi accumulé, sans forcément le réaliser, des trop-perçus qu’il faudra rembourser.

Parfois la situation se complique encore plus : d’une part l’administration vous a passé à demi traitement, et d’autre part, en même temps, elle commence à déduire de votre salaire les trop-perçus sans toujours vous prévenir. Les agent·e·s se retrouvent ainsi avec à peine le quart de leur rémunération.

Il est donc très important, alors même que vous avez des problèmes de santé, de prévoir ces difficultés financières. Les assistantes sociales et le Sgen-CFDT peuvent vous informer sur vos droits et vous aider à proposer un échéancier, à demander des reports de remboursements voire des remises gracieuses.

Un contrat collectif de prévoyance en 2026 pour les agent⋅e·s de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de Jeunesse et sports

À partir de 2026, les agentes et les agents auront la possibilité de souscrire à des garanties supplémentaires prévues au contrat collectif de prévoyance issu de l’accord négocié avec les organisations syndicales représentatives, afin de bénéficier d’un complément de revenu.

En complément des garanties statutaires prévues par les textes, ces garanties supplémentaires permettront :

  1. le maintien de 80 % de la rémunération globale des personnels titulaires et contractuels, pendant la durée du congé de maladie ordinaire rémunéré à mi-traitement à partir du 91ème jour,
  2. le maintien de 80% de la rémunération globale, en congé de longue durée les quatrième et cinquième années au lieu de 50%,
  3. le maintien de 80% de la rémunération pour les personnels en disponibilité pour raison de santé dont l’invalidité aura été reconnue entre l’entrée en vigueur de ce nouveau régime de prévoyance et la fin programmée de la retraite pour invalidité prévue pour 2027.
Pour les agent·e·s de l’enseignement agricole, la négociation pour la prévoyance est à venir.

Pour aller plus loin...

  • Le CLD sur service-public.fr

  • Le CLM sur service-public.fr

  • Loi 84-16, article 34 : différents types de congés

  • Loi 84-16, article 34 bis : le mi-temps thérapeutique

  • Le Trop-Perçu sur Service-Public.fr

  • Notre article sur Sgen+

  • Le temps partiel thérapeutique

  • Accompagnement des personnels par le Rectorat de Strasbourg

  • Les absences et congés